近未来、世界各地で次々と天変地異が発生する中、調査の結果、人類は太平洋の海溝の底に「オルファン」という神秘的な遺跡を発見した。驚くべきことに、それは自我を持つ宇宙船であった。宇宙航行へと移行するため、オルファンは地球の生命エネルギーを吸収し続けていた。一方、オルファンを救世主と見なす者たちは「レクラム」という組織を結成し、オルファンが水面に浮上し宇宙へ旅立つための力を得られるよう支援する。しかし、その時には地球上の全生命エネルギーが吸い尽くされ、未曾有の超巨大津波が地球上のあらゆる生物を飲み込むことになる。人類滅亡の運命を阻止すべく、国連は専用戦闘母艦「ノヴィス・ノア」を建造し、オルファンに潜む者たちとの戦いを繰り広げる……