遠い未来、人類はノヴァと呼ばれる異星種族の脅威にさらされていた。この非人的な存在は出現するたびに壊滅的な被害をもたらし、彼らを食い止める戦いは「ノヴァクラッシュ」として知られるようになる。若い女性「パンドラ」と若い男性「リミッター」は聖痕を移植され超人的な能力を与えられ、軍学校で訓練を受ける。人類が生き延びるためには、彼らが協力し合うことを学ばねばならない。 『フリージング』は、ウエスト・ジェネティクス軍学校に初登校する逢井カズヤの物語である。到着早々、パンドラたちによるバトルロイヤルが行われている最中、彼は「無触の女王」と呼ばれる強力なパンドラ、サテライザー・エル・ブリジットを亡き姉と勘違いし抱きしめてしまう。彼女は試合に敗れる結果を招いたが、カズヤの触れても彼女を遠ざけないことに気づき、彼を自分のリミッターに選ぶ。しかし、上級生たちの策略や迫りくるノヴァとの戦いの中で、二人のパートナーシップは果たして生き残ることができるのか…