立花ショウタロウが九条櫻子と初めて出会ったとき、彼の人生が永遠に変わると知った。最初は近隣で起きた失踪事件の犯人だと疑っていたが、彼女の真の才能——骨の標本を分析する能力を知ることとなる。櫻子は復元された動物の骨を数多く収集しているが、周囲を呆れさせながらも、さらに人間の骨を欲しがっている。 やがてショウタロウは、この風変わりな骨学者が遭遇する数々の未解決事件——それはたいてい腐乱死体という形で現れる——に付き添うようになる。しかし、彼らの周りでこれほど多くの事件が起きるのは、もしかすると彼らの人生に絡むより大きな謎が潜んでいるからなのか？ 『櫻子さんの足下には死体が埋まっている』は、一風変わった二人のパートナーシップを描く物語である。骨は人がどのように死んだかを語るが、人がどのように生きたかを語れるのは人間だけだということを、二人はそれぞれの方法で示していく。