幕末は、若者たちの魂が祖国の未来への焦燥に燃えた時代。長州の浪士・高杉晋作は、同志の桂小五郎と共に、時の政府が独占を図るという、時間を操る神秘の「時計」を求め、幕府船に潜入する。そんな力を悪しき手に渡すよりはと、高杉は神器の破壊を計画するが、入手したその品は、謎の盗賊に奪われてしまう。二人はその賊を追い、幕府の拠点・京へ向かう。しかし、都に着くと、そこでは幕府が倒され、神・スサノオが支配者となっていた。街並みも人々も、晋作と小五郎の記憶とは大きく変わっている。時代は変わっても、使命は変わらない。高杉と桂は、時間をリセットし、祖国を乗っ取らんとする邪悪な勢力から国を救うことを決意する。