戦火のガンダーラとニアスアの世界から帰還した後、空操弾馬と仲間たちは地球での日常を続けていた。それから一年が経ち、異星の侵攻によって深刻な被害を受けた仮想戦闘空間「爆丸ディメンション」はついに復旧し、再び戦士たちが集い、自らに挑む聖地となった。 しかし人々は、弾馬の爆丸——炎の龍闘士が戦闘で力を解放するたびに、ディメンション空間に新たな乱れが生じることに気づく。弾馬は、爆丸の母「コード・イヴ」から授かった驚異の力を完全に制御できず、体内に封印された機械巨神を抑えることも難しい。この力が暴走すると、謎の機械実体が戦場を席巻し、無差別にすべての敵を攻撃し始める。 さらに悪いことに、爆丸ディメンションは再び侵攻の危機に直面していた。ある謎の黒幕がシステムに変異した混沌爆丸を送り込み、戦士たちの意識を操り、仮想世界の支配権を奪おうと企んでいた。避けられない決戦に備えるため、弾馬は機械巨神の破壊力をなんとか抑え込み、再び爆丸戦士たちを集結させて共に敵に立ち向かわなければならない。