中学校入学初日、エレン・イェーガーは巨人と対面し――昼食を奪われてしまう！その日以来、彼はお気に入りのチーズバーガーを奪った巨人に恨みを抱き、巨人の殲滅を誓う。義理の姉ミカサ・アッカーマン、親友のアルミン・アルレルトと共に、巨人中学校の廊下を駆け抜ける三人は、懐かしい顔ぶれと出会い、「壁掃除部」の活動として様々な課外活動に参加していく。 大人気原作をパロディ化した本作では、おなじみのキャラクターたちが中学生となり、大食いの巨人から自分たちの昼食を守るために奮闘する。