

遥か昔、人類は「巨人」と呼ばれる人型の怪物によって絶滅寸前にまで追いやられ、巨大な三重の壁の内側に恐怖に怯えながら隠れ住むことを余儀なくされた。これらの巨人の真に恐ろしい点は、人間を捕食する理由が飢えではなく、むしろ快楽であるように見えることだ。生存を確保するため、人類の残党は防壁の内側での生活を始め、その結果、100年間にわたり巨人との接触は一度もなかった。しかし、その脆い平穏は、絶対に突破されないはずの外壁を超大型巨人が破壊したことによりすぐに打ち砕かれ、人喰いの怪物たちに対する生存のための戦いが再燃する。 侵攻してきた巨人によって凄惨な個人的な喪失を目撃した後、エレン・イェーガーは壁の外で無慈悲な人型怪物たちと戦う精鋭部隊「調査兵団」に入隊し、その駆逐に人生を捧げることを誓う。エレンは、義理の妹ミカサ・アッカーマン、幼なじみのアルミン・アルレルトと共に、巨人に対する苛烈な戦いに身を投じ、最後の壁が突破される前に彼らを打倒する方法を見つけ出すため、時と競うことになる。
エルリック家で起こった恐ろしい錬金術実験の失敗により、エドワードとアルフォンスの兄弟は壊滅的な新たな現実に直面する。人間錬成を禁じる錬金術の原則を無視し、彼らは亡き母を蘇らせようとした。しかし、代わりに彼らは残酷な代償を払うこととなった。アルフォンスの肉体は消滅し、エドワードは片足を失い、さらに片腕を犠牲にしてアルフォンスの魂を巨大な鎧に縛り付けることで現世に留めたのだった。 兄弟は隣人ピナコ・ロックベルとその孫娘ウィンリーに救われる。生体機械工学の天才として知られるウィンリーは、ロボットや戦闘装甲に使われる頑丈で多用途な金属「オートメイル」を利用し、エドワードの義肢を作成する。数年後の修行を経て、エルリック兄弟は、等価交換の原則を超越する力を錬金術師に与える強力な宝石「賢者の石」を探し出し、自らの身体を取り戻すための旅に出る。 エドワードは「鋼」の二つ名で知られる錬金術師となり、兄弟の旅は世界の運命を脅かす巨大な陰謀へと巻き込まれていく。