ある日、未来都市・沖ノ鳥島メガフロートシティに留学中の姉・シキとビデオ通話をしていた御影レムは、彼女の映像も音声も全て人工物であることを告げられる。学業効率化のため、神経接続型ナノマシンで意識をコンピュータにアップロードし、肉体は「ボディプール」で保管しているというのだ。衝撃を受けつつも姉の選択を支持するレムだったが、その直後、「アーリー・ラプチャー」と呼ばれる災害が発生する。 アーリー・ラプチャーにより、意識をアップロードした者たちは昏睡状態に陥るか、命を落とす。レムは姉の空っぽのアパートを最後に訪れるが、そこにシキが現れ驚愕する。家族や過去の記憶を失い、暴力的な研究集団に追われる身となったシキは、新たに得たナノマシン操作能力を使い、弟と共に逃亡を余儀なくされる。 [Written by MAL Rewrite]