物語は、自治政府復活を目指す動きが高まる沖縄の孤島・磐戸島が舞台。父の行方知れずな13歳の少年・アオ・フカイは、老医師・トシオと共に島で暮らし、中学に上がろうとしている。アオの母は10年前に何者かに連れ去られた。ヒロインであるアオの幼なじみで同じ13歳のナル・アラタは、父と姉、祖母と暮らす。彼女は幼い頃の事件により目覚めた「ユタ」の力を持つ。島のスクァブ・コーラル生命体を襲撃するため、「シークレット」と呼ばれる謎の存在が突然現れる。アオは島を守りたいという強い思いから、自衛隊輸送機に搭載されたある軍用FP「ニルヴァシュ」を発進させる。