魔法による災厄と脅威に苛まれる世界。そこには、非暴力的にそれらの脅威や悪意ある行為を未然に防ぐ任務を帯びた特殊な戦士たち――“インクイジター”が存在していた。対魔導学園は、そんなインクイジターを育成・教育するために設立された専門学校で、生徒たちはチームワークを磨くため、少数の小隊に分けられて訓練を受ける。数多ある精鋭小隊の中に、順位の低さと無能な隊員たちから「落ちこぼれ小隊」の異名をとる第35試験小隊が存在した。 しかし、全ては一人の少女の編入によって変わり始める。強大な力を持ちながらも反抗的で、規則違反を繰り返し、魔女殺しという重大な禁忌を犯した元インクイジター、鳳 桜花。彼女が小隊に強制的に配属されると、気性の荒い彼女は、不器用な小隊長・草薙 哮と衝突し、魔女に対する考え方を巡って他の隊員たちとも激しく対立する。この個性豊かな面々が対魔導学園で成功し、ランクを上げるためには、まずは互いの違いを乗り越え、一つのチームとして協力し合う道を見出さなければならない。