『境界戦機』第二部。 西暦2061年、日本は四大経済圏に分断され、占領されていた。人々は、日々の生活のために、占領軍に従うことを余儀なくされていた。そんな中、少年・早梅ヒロは、ある日、自律思考型AI「ガイスト」を搭載した人型機動兵器「AMAIM」と出会う。ヒロは、このAMAIMを駆り、占領軍に立ち向かうレジスタンスに身を投じ、自由を取り戻すための戦いを始める。