時は2199年12月。街は年の瀬と新年の訪れに湧き立つ中、史上最高額の賞金が懸けられたSS級反逆者・ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジが、第十三階層都市「カグツチ」に出現したとの報が流れる。彼、あるいは“死神”の目的は、世界を統べるシステムの破壊とされる。巨額の賞金を求めて、無数の強者たちがカグツチに集結する。