ある日、都市が突然消滅した。契約で動くプロの運び屋で、一匹狼のタクヤは、消滅都市から唯一生き残った少女・ユキと出会う。二人は、行方不明とされるユキの父からのメッセージを頼りに、消えた都市「ロスト」を目指す。 しかし、二人の前に予想外の障害が襲いかかり、その現実はユキにとって特に衝撃的なものだった。残された者たちの想い、暗躍する謎の集団、そして隠された陰謀が明らかになる。最初は他人同士だったタクヤとユキは、旅の中で絆を深め、ロストの謎を解き明かしていく。