家族の試練を完遂するため、少年シュウは単身、神魔聖戦の地に聳える極学院へと赴いた。学院では全ての生徒に、武器システムを起動可能な学級手袋が支給される。その手袋を利用し、生徒たちは絶えず修行を重ね、やがて時空操作や瞬間移動といった強大な領域力を悟る機会を得る。しかし、この弱肉強食の学院には、魔族の生存者たちも潜入していた。彼らの影は暗闇の中で蠢き始める。そしてシュウは、領域の頂点を目指す極学の旅路の中で、次第に自らの出生に隠された驚くべき秘密に気付いていく……