骨川スネ夫が今売り出し中の神秘的な列車のチケットを自慢して見せびらかす。剛田武、源静香も列車に乗りたくて、スネ夫に連れて行ってくれるよう懇願する。その時、野比のび太が走ってきて、ドラえもんが3日間も帰ってこないと言う。スネ夫とジャイアンもその後ドラえもんを探しに行き、のび太はドラえもんを探すことに夢中で、夕食も食べない。ドラえもんが戻ってきて、22世紀に銀河列車のチケットを買いに行っていたと言う。ドラえもんたちは銀河列車に乗って銀河の様々な星群を巡り、その一方で、神秘的な生命体が誕生する。