夏休みの自由研究が進まないのび太は、ドラえもんのひみつ道具「創世セット」で新たな宇宙を開拓し、地球型惑星の歴史を観察する。人類が誕生した中に、のび太にそっくりな人物がいた。のび太は自分の祖先に援助を与え、その世界の神秘的な力となる。現代に至り、野比のび秀・出木松、源静代らは南極へ向かう。そして地下世界の昆虫文明を目撃する。実は、新しい地球で本来発展すべきだったのは昆虫文明だったのだ。果たして新世界の運命はどうなるのか……？