現実生活での不満と遊び場の空き地さえ失ったことから、ドラえもんとのび太は史上最大の家出を決意する。同時に、時空の乱れによって古代中国から来た少年・グーグーが20世紀の東京に現れ、のび太たちに発見され、7万年前の世界へと連れて行かれる。実はグーグーの属する光の一族は暗黒族に侵略されており、暗黒族の首領は未来世界から来た巨尊比（ギガゾンビ）であった。彼は世界の歴史を変えようと企んでいたが、タイムパトロールの協力のもと、巨尊比の陰謀は阻止される。そしてグーグーとその一族は日本へ渡り、日本人の始祖となったのである。