海洋の平和を守るため、PKNが結成された。それは各国の最新鋭戦艦で構成されていた。しかし、設立式典の最中、世界征服を企む正体不明の組織USRに急襲される。USRのレッド提督が指揮する潜水艦UXの前に、彼らはなす術もなかった。だが、その時、命を賭した速水艦長の操る旧式の日本潜水艦、707が彼らを救う。 それから一年後、先の戦いで失われた707を継ぐ新造潜水艦、707IIが進水した。乗組員には、研修生だったケンジ、ゴロー、センタといった少年たちも含まれていた。PKNは、アメリカ最新鋭戦艦グレートガーディアンを旗艦とする艦隊を編成。しかし、潜水艦Uの攻撃は苛烈を極め、艦隊は敗退する。そこに707が到着する。レッドは707を認めるや、宿敵との再会を喜び、戦闘を開始した。 潜水艦の攻撃から逃れ、彼らは707を渓谷に隠した。しかしレッドは、707を泥流に巻き込むため渓谷の破壊を試みる。707はかろうじて脱出し、火口へと潜り込む。だがそこは淡水層であり、潜水艦は浮上できなかった。その瞬間、無数の魚雷が707に向けて発射された。