スーパーメトロポリス「ベイシティ」で、少年・熾焰はクラスメイトの小星、美琪と共に、学園に謎のクラブが存在することを偶然発見する。さらに、上級生の深藍、鉄拳、小雪が小さな恐竜を追いかけている現場を目撃し、好奇心から真相を探ろうとする三人は、時空の裂け穴とそれに伴う驚くべき秘密を偶然発見してしまう。やがて学園と都市は次々と混乱と危機に陥っていく。熾焰、深藍、美琪、小星、鉄拳――性格の異なる五人少年は「鋼鉄飛龍」チームを結成し、衝突と危険に満ちた刺激的な冒険の旅を始める……