深宇宙において、善と悪の勢力の間で戦いが繰り広げられ、地球の運命が危ぶまれていた。邪悪なネオス・ゴールドは、ただ一つの目的――人類全体の絶滅――を掲げて侵略部隊を地球へと差し向ける。今、地球をネオス・ゴールドの死の艦隊から守る使命は、イクサー1の妹であるイクサー3に託された。味方は地球に残されたたった一隻の戦闘巡洋艦のみ。しかし、彼女を甘く見てはいけない。経験不足を、イクサー3は圧倒的な熱意で補うのだ。