トキオは現代に暮らす中学生だが、24世紀の時空管理局にスカウトされ、隊員となる。相棒のカレンと共に、教科書には書かれていない「真の歴史」を解明する使命を帯びる。しかし、私利私欲のために真の歴史が明らかになるのを阻止しようとする悪玉トリオが、彼らの前に立ちはだかる。