若きで勇敢なヴァイキングの戦士ヒッカップ（ジェイ・バルチェル Jay Baruchel 声優）は、傷ついたドラゴンを手なずけ、さらに親友となる。5年の時を経て、バーク島の住民の生活にはすっかりドラゴンの気配が染み込んでいる。バーク島は今やヴァイキングとドラゴンが平和に共存する楽園となった。 　　しかし、成長は責任を意味する。答えを求めて、ヒッカップと忠実なトゥースレスは冒険の旅に出るが、その結果は予想を超えていた。一方で、ヒッカップは謎のドラゴンライダーが、長年行方不明だった実の母ヴァルカ（ケイト・ブランシェット Cate Blanchett 声優）であることを発見する。他方では、権力に飢えたドラゴ（ジモン・ウンスー Djimon Hounsou 声優）がドラゴンハンターのエレット（キット・ハリントン Kit Harington 声優）と同盟を結び、バーク島の人とドラゴンの平和を脅かす。 　　皆に愛されるドラゴンを守るため、アストリッド（アメリカ・フェレーラ America Ferrera 声優）、ゴブバー（クレイグ・ファーガソン Craig Ferguson 声優）、そしてヴァイキングの仲間たち：スノットラウト（ジョナ・ヒル Jonah Hill 声優）、フィッシュレッグス（クリストファー・ミンツ-プラッセ Christopher Mintz-Plasse 声優）、そして双子のラフナット（クリステン・ウィグ Kristen Wiig 声優）とタフナット（T・J・ミラー T.J. Miller 声優）も手を貸し、ヒッカップと部族の首長である父ストイック（ジェラルド・バトラー Gerard Butler 声優）、そして母と共に協力する。この間、ヒッカップがずっと追い求めてきた答えは、思いがけない形で自然と明らかになっていく……