長年人間界から隔離されてきたタートル兄弟は、ニューヨーカーの心を掴み、普通のティーンエイジャーとして受け入れられることを目指す。新たな友人エイプリル・オニールの助けを借り、彼らは謎の犯罪シンジケートに立ち向かうが、突如として大量のミュータント軍団が襲来し、事態は思わぬ方向へ発展していく。