ねえ、知ってる？かもめ学園の七不思議、七番目の噂話。 旧校舎3階の女子トイレ。そこには花子さんがいて、何かひとつを代償に呼び出した人の願いを叶えてくれる。 呼び出し方はノックを3回。そして―― 「花子さん、花子さん、いらっしゃいますか？」 七不思議七番目『トイレの花子さん』こと“花子くん”と縁を結んだ少女・八尋寧々。祓い屋の少年・源 光。2人は花子くんと共に、改変された七不思議や怪異たちの噂を元に戻すため、日々奔走していた。 七不思議『三人の時計守』から端を発したトラブルや、『美術室のシジマさん』が創造した偽物の世界からの脱出を経て寧々は自身の寿命について、真実を知る。 混沌とした気持ちのまま、かもめ学園の伝統行事である宿泊学習に参加することに。 誰にも聴こえない笛の音… 眠る人の魂を掴まえにくる死神の噂… 新たな七不思議とともに、再び物語は動き出す――。