この年、普通に戻りたいと願う菜ノ花自由は、平凡で幸せな日々を送っていた。しかし、新しく転校してきた柳生フェリサは、柳生十兵衛の娘であり、父の眼帯を取り戻すために自由に近づいた。一方、三百年前に柳生家によってシベリアへ追いやられた「北柳生」も、日本に戻り柳生十兵衛二代目に復讐を企てる。その時、小田豪鮎之介がハート型の眼帯を携えて再び自由の前に現れ、菜ノ花自由は再び柳生十兵衛二代目に変身しなければならなくなる。