物語は近未来、ナノマシンやバイオコンピュータが登場し、サイボーグ義体が普及し、光と電子で繋がれた世界。人脳も直接ネットワークに接続できる時代。 主人公は、テロ犯罪を専門に取り締まる政府直属機関・公安九課の刑事バトー。彼自身も機械化された人間で、四肢と体の大半が人工機械に置き換わっている。脳にはわずかな人間の記憶が残り、「モトコ」という名の少女の面影が、どうしても消せずに脳裏に浮かぶ。 ある日、少女型の人形ロボットが突然暴走し、所有者を殺害する。「人間に奉仕するために作られたロボットが、なぜ人間を襲うのか？」原因を究明するため、バトーは相棒のトグサと調査を開始する。コンピュータネットワークに潜入したバトーの「脳」は、無名のハッカーから執拗な攻撃を受けながら、真実に一歩ずつ近づいていく……