『1999！神秘学対策部』は、超常現象調査をテーマにしたテレビアニメ作品であり、主に都市伝説や神秘的事件に興味を持つ青少年から大人層を対象としています。エピソード形式を採用し、サスペンスと軽いコメディ要素を組み合わせ、写実的な背景に幻想的な設定を織り交ぜた構成です。全体的なスタイルは、現代都市怪談を日常的な謎解きとして描く物語となっています。