父が謎の死を遂げてから8年。ごく普通の、少々お茶目な少年・黒羽快斗は、ある衝撃的な秘密を知る。怪盗キッド――“月光の魔術師”の異名で知られるその人物こそ、実は彼の父であったのだ。先代キッドは、一万年に一度訪れる「バレー彗星」の通過時に涙を流すと伝えられる伝説の宝石「パンドラ」を求める犯罪組織によって殺害されていた。その涙を飲めば、不死が得られるという。 父の死の責任者たちを裁くことを誓った快斗は、怪盗の装いをまとう。敵の手に渡る前にパンドラを見つけ出すため、彼は夜ごと、貴重な宝石を狙い続ける。