軍用ロボットが無人の状態で自動起動し、篠原重工の天才プログラマー・帆場瑛一が自殺した。誰もが予想しなかったが、この二つの無関係な事件が将来、東京を恐怖に陥れることになるとは。 東京の各所で次々と発生するロボット暴走事件。特車2課の調査により、その原因は新たに導入されたロボットOS「HOS」に疑いがかけられる。このOSは篠原重工の製品であり、さらに深刻なのは、現在ほとんどのロボットがこのシステムに切り替えられていることだ。後藤たちは、潜在的な危機が非常に恐ろしいものだと認識する（もし東京のほとんどのロボットが一斉に暴走すれば、東京は滅びる）。しかし、ロボット暴走とHOSの関連を証明する証拠は何もない。そのため、後藤は松井刑事に調査協力を依頼する。HOSの主開発者である帆場を調査する中で、彼がすでに自分の過去の記録を消去していることが判明するが、唯一残されていたのは彼の住居記録だった。松井は数年間にわたり帆場が一時的に住んだ場所を追跡するが、驚くべきことに、帆場はこの数年で20回以上も引っ越していた。そして、手がかりが彼らをそのうちの一か所に導くたびに、そこは常に新時代の建築に淘汰された過去の記憶であり、時間の流れが逆転し始めているかのようだった。松井さえも疑念を抱かずにはいられなかった：もしかすると帆場瑛一はわざと彼を、人々に忘れられたこの場所を見せに連れてきているのか？彼は一体何を伝えようとしているのか？ 一方、特車2課第2小隊の面々も手をこまねいてはいなかった。繁夫の助けを借りて、彼らはロボット暴走の条件を見つけ出したようだ：風速が40m/sに達した時に建物との間に生じる共鳴が、HOSの隠された機能を引き起こすという。そして彼らは気づいた：東京市内で全てのロボットを同時に狂わせる共鳴物こそが、あの「バビロンプロジェクト」、そびえ立つ超高層ビル、人類の欲望と技術の結晶を象徴する建築物なのだ！その時、テレビから天気予報の声が流れてきた：「今夜、風速40m/sの台風が東京に上陸する見込みです。十分な警戒を……」