宇宙世紀0079年、地球連邦軍はジオン公国からウクライナの主要都市を奪還するため、オデッサ作戦を発動。作戦は成功し、残存ジオン軍は地球各地に散っていった。地球連邦軍は一年戦争において優位に立ち、残敵掃討のため地上部隊を全世界に展開させる。 その配属の一環として、少尉シロー・アマダは東南アジア戦線に転属し、RX-79[G] ガンダム陸戦型のパイロットからなる特殊部隊「第08MS小隊」の指揮を任される。初のゲリラ作戦で、シローの小隊は連邦地上部隊がジオンの新たな神秘兵器を探知する間、陽動任務を命じられる。計画は順調に進んでいたが、交戦中にシローはかつての戦闘で出会ったジオンのエースパイロット、アイナ・サハリンと再会する。この再会は彼の戦う決意を揺るがせ、若き指揮官シローは連邦への忠誠を証明せねばならない――さもなければ、裏切り者の烙印を押されることになる。