漫画でキカイダー01が登場した直後のストーリーを引き継ぎ、オリジナルキャラクターのキカイダー00も登場する。しかし主人公は依然としてジローである。なぜなら、このOVAではジローだけが良心回路を持っており、そのためジローだけがプロフェッサー・ギルに操られないからだ。死んだと思われていたプロフェッサー・ギルは、ブラックキカイダーの体を利用して復活を果たす。ギルの陰謀を発見した後、三人のキカイダーと、妹を殺されたことで反逆したビジンダーが手を組み、ギルの要塞を攻撃する。しかし、肝心の良心回路が欠けていたため、三人は捕らえられ、ギルの僕へと改造されてしまう。 　　良心回路を持つために侵食されないキカイダーに対して、ギルは良心回路を簡単には外さず、代わりに完璧だと思い込んだ追加パーツ「服従回路」を取り付ける。これはあらゆる邪悪な考えや命令に対して「イエス」と答える干渉パーツである。しかし、良心回路を完全に圧倒できると思われた服従回路は、予想外に両者の対抗によって融合してしまう。最終的に兄である01と弟である00を涙ながらに殺したジローは、恐怖に震えるギルに向かって言う。「そうだ、僕は嘘をつくことを覚えたんだ。」純粋だったジローの魂が汚され、嘘をつくことを学んだからこそ、彼は検査機を騙して解放されることができたのだ。 　　「僕は永遠に良心と邪念に苦しめられるだろう。」これはジローがギルを殺す前に最後に語った言葉である。OVAの結末は極めて悲涼とした雰囲気で幕を閉じる。かつて兄弟5人が再会したにもかかわらず、再びジロー一人だけが残され、完全な人間の魂を手に入れたジローは、彼自身が予測した通り、永遠に良心と邪念に苦しみながら、自らの終焉へと歩んでいく……