【時代背景】 U.C.0079年12月、ジオン公国によって引き起こされた一年戦争は最終局面を迎え、人々はジオンの衰退を目の当たりにし、和平の早期実現を願っていた。しかし、ジオン軍の一部強硬派は、なおも迷妄に駆られて連邦軍との戦いを続けていた。 　　この時、連邦軍は最終的な大攻勢の準備を急ぐ一方で、軍事技術の研究開発にも力を緩めていなかった。少年英雄アムロ・レイがRX-78ガンダムを駆り戦争で見せた活躍は、連邦にMSの価値と、アムロが示した新人類能力「ニュータイプ」の重要性を強く認識させた。この二つをより良く結びつけるため、地球の北極基地で連邦軍は最新鋭のRX-78ガンダム「NT（ニュータイプ）-1アレックス」の試作機を完成させた。その後まもない12月21日、北極基地はジオン部隊の奇襲を受ける。しかし幸いNT-1は破壊を免れ、護衛のもと宇宙の中立地域サイド6へ極秘裏に移送され、そこで最終テストが行われることとなった。 【ストーリー】 　　サイド6は平和でのどかな雰囲気に包まれていた。ここは戦場から遠く離れ、ほとんど戦闘が起こったことのない地域で、駐留する連邦軍部隊も多くはなかった。これは軍事マニアの少年アルにとっては嬉しいことではなかった。彼は激しい戦闘シーンをこの目で見たがっていたのだ。ある日、アルが友人たちと話していると、コロニー内で騒動が発生した。これはジオンの小規模偵察部隊と連邦軍の衝突が原因だった。間もなく、損傷したザク（改）がアルの頭上をかすめ、彼のすぐ近くの林間の草地に墜落する。 　　撃墜されたジオン軍の新兵バーニーは、自分の階級章と引き換えにアルのカメラの記録メディアを手に入れた。そこにはアルが連邦の工場でこっそり撮影したMS組み立ての映像、そして数日前に地球から引っ越してきたアルの隣人、赤髪の女性クリスの姿が記録されていた。バーニーが得た情報はジオン軍の注目を集め、彼らは直ちにガンダム破壊任務のための突撃小隊を編成した。こうしてバーニーの所属する小隊は、小規模な戦闘による混乱に乗じて再びサイド6に潜入する。宇宙コロニーで、バーニーは再びアルと出会うことになる。 　　MSパイロットになることを夢見る少年アルは、自ら進んでジオン突撃小隊のために連邦軍の秘密基地の位置を偵察し、彼を監視する青年バーニーと親友になった。ある日、バーニーはアルの窓の下でクリスと偶然出会い、この出会いは彼の監視任務に一抹の彩りを添える。一方、突撃小隊の秘密倉庫では、ガンダム対策用の新型MS「ケンプファー」の組み立てが進んでおり、クリスマス前までにアレックス破壊任務を完了させる計画が立てられていた。全ての準備が整うと、ガンダム破壊作戦が発動された。ジオンのベテランパイロットが操るケンプファーは、駐留する連邦部隊を散々に打ち破り、突撃小隊と連携してアレックスが格納されている秘密工場へと急速に接近する。アレックスNT-1は慌てて応戦し、性能の優位性によってケンプファーを撃破した。ここに至り、ジオン突撃小隊の作戦は失敗に終わり、小隊はバーニーを除く全員が戦死した。 　　ジオン突撃小隊の作戦失敗後、唯一の生存者であるバーニーはサイド6からの即時撤退命令を受けた。ジオン軍にはもはやガンダムを破壊