遠い未来、人類の化石燃料への依存はその枯渇を招き、世界がかつて経験したことのないエネルギー危機を引き起こした。報復と恐怖から、人類は代替エネルギー源である太陽光発電に着目し始める。様々な国家が結束し、三大勢力——太陽エネルギーと自由国家連合、人類革新連盟、新ヨーロッパ連合——を形成した。各勢力は太陽光発電システムを保有し、無限のエネルギーを手にした。 その結果、かつて化石燃料の販売に依存していた国家は貧困に陥り、太陽エネルギー支配を巡る長年の戦争と内紛が続いていた。この混乱の中、正体不明の準軍事組織「ソレスタルビーイング」が現れる。彼らは「ガンダム」と呼ばれる謎の高性能モビルスーツを用いた武力介入によって、全ての戦争を終わらせることを志す。 『機動戦士ガンダム00』は、ソレスタルビーイングのガンダムマイスター、刹那・F・セイエイ、ロックオン・ストラトス、アレルヤ・ハプティズム、ティエリア・アーデの物語を描く。世界を変えるという目的を成し遂げるため、四人は三大国家群の壊滅的な戦いに身を投じていく。