『キカイダー01 THE ANIMATION』の直後から物語は続く。次郎は、ギルが埋め込んだ服従チップが自身に残した悪の衝動と戦いながら、今も街を彷徨っている。とある高校生と出会った次郎は彼を襲うが、その少年こそがイナズマンであることを知る。イナズマンは次郎を破壊することを望まないが、彼を放っておくこともできない。