第二部OVAは株式会社亜細亜堂とSME Visual Worksによって制作され、望月智充が監督を務め、2002年5月から2003年にかけてVHSとDVDで発売された。物語は単行本第7巻から第9巻を選んで描かれており、アルファの家が台風で壊され、彼女が一年間旅に出るエピソードを含んでいる。 海が陸地の大部分を覆ってしまった時代、横浜より西の崖の近く、人里離れた小道の傍らに「COFFEE A」という小さな喫茶店がある。店には初瀬野アルファという可愛らしい店員がいる。彼女は店主が購入したA7M2型ロボットだ。アルファは身体が機械で構成され、動物性タンパク質を摂取できない以外は、若い人間の女の子と何ら変わりない。人間と同じように考え、行動することができ、時には人間よりも鋭い感覚を持つこともある。 数年前、主人が去ってしまい、HKP7M13という小さな拳銃と、彼女の名前を冠したこの喫茶店だけが残された。アルファは自分がロボットであることを喜んでいる。なぜなら、そうすればずっと主人の帰りを待っていられるからだ。唯一の残念なことは、彼女と主人がずっと荒涼とした海辺に住んでいて、喫茶店にはほとんど客が来ず、店のコーヒーの8割は自分で飲んでしまうことだ。 しかしアルファはそんなことを気にしていない。近所の人たちがたまに来店してくれるだけで、彼女はとても満足している。近くでガソリンスタンドを経営しているおじさんは、ガソリンが腐りそうになるまで客が来ないが、ずっとアルファを家族のように世話してくれている。おじさんの孫の高広は弟のように店中を走り回るのが好きで、最近は高広とよく一緒に来る女の子も、バラクーダを持った大柄なひげ面の文久を知っているようだ。時々現れる小さな精霊の美沙葛も活発で、武蔵野の親友の菜心に手紙を書く頃合いだ…… ロボットであるアルファの生命には時間がなく、彼女の生活はとても穏やかで、たまに横浜に買い物に行くだけだ。