『舞-乙HiME』の舞台は、かつて地球人類が移民した惑星エアル、およびそこで起こった二大戦争（十二王戦争と龍王戦争）である。 ある夜、ウィントブルーム王国（風花王国）の風華宮が侵攻され、国王と王妃が殺害され、国王に仕えていた乙HiMEも失踪した。 14年後、砂漠を徒歩で越えてきた少女アリカ・ユメミヤは、生まれてすぐに別れた母親を探すために風花王国へやって来た。彼女は母親の形見「蒼天の青玉」を携え、世界で唯一乙HiMEを養成する学校ガルデローベ学園へ向かう。 入国後、アリカは偶然ガルデローベ学園の予科生ニナ・ウォンと風花王国の王女マシロ・ブラン・ド・ウィントブルームに出会う。3人は突然、黒の団に操られた奴獣に襲撃されるが、アリカが持つ「蒼天の青玉」が危機を救う。 アリカはあらゆる手段で入学を果たし、ついにガルデローベ学園の予科生となるが、生活は非常に苦しかった。匿名の支援者がアリカの学費問題を解決してくれた後、彼女は誤ってマシロと共に風華宮の地下へ侵入し、古代の超兵器「オルガン」を発見する。直後に再び黒の団の奴獣に襲撃され、マシロはやむなく「蒼天の青玉」でアリカと契約を結び、その後蒼天の青玉の力で奴獣を倒す。 その後、アリカは真祖が眠る霊廟に潜入し、華麗な乙HiMEの歴史の裏に隠された闇を知る。「戦争兵器として敵味方に分けられ戦わされた乙HiME」の言葉に動揺し、さらにニナの養父セルゲイ・ウォンに惹かれる気持ちに気づき、アリカは迷い始める。一方、マシロは日邦国の若き君主鴇羽巧海頭忠頼と出会い、自分が成し得ていないことを指摘され、一時的に女王としての責任と義務を放棄しかける。しかし、アリカとの約束を思い出し、アリカが先に最高のマイスター（舞星）になるか、自分が先に皆を幸せにする女王になるかを競い合うことを決意する。 しかし、アルタ公国と黒の団は計画を進めており、まずロムルスとレムスの双方でマイスター同士の戦いを引き起こし、その後、新風華宮落成式典の際に風華宮に細工を施す。卒業記念舞闘が行われている最中、黒の団の総攻撃が開始され、結果として風花王国とガルデローベ学園は炎凪・デ・アルタ（ナギ・デ・アルタイ）の手中に落ち、シズル・ヴィオーラが捕虜となる。ナツキ・クルーガーはやむなく風花王国から脱出し、逃亡するアリカは親友エルス・ホーが操る奴獣に阻まれる。その時、アリカは匿名の支援者がセルゲイであったことを知る。ニナの嫉妬の炎が爆発し、長く行方不明だった貴石「漆黒の金剛石」と反応し、炎凪と契約を結ぶ。ニナがアリカを攻撃した時、エルスが攻撃を遮るが、エルスは彼女の奴獣と共に消えてしまう。アリカはエルスを殺したニナを許すことができず、結果として二人は互いに憎しみ合うことになる……