これはガルデローベによって封印された戦い。風華王家の秘密と、エリカの母＝レナ・セイヤーズの物語。 　　乙HiMEに憧れる少女＝シフル。ある日、天涯孤独ながらも強く生きる彼女に魔の手が襲いかかる。謎の組織「シュヴァルツ」がシフルを誘拐したのだ。危機に陥った彼女を救ったのは、黒衣の紳士＝ブルース、そのメイド(?)＝レナ、シオン修道女と彼女の乙HiME＝マイスター・ラケル、そして五柱・一の柱＝エリオットだった。 　　少女シフルの謎。 　　乙HiMEの力を持ちながらそれを拒むレナ。 　　ガルデローベの謎。 　　五柱の裏切り。 　　今、先代乙HiMEが目覚める時。 　　タイトルの「S.ifr」には二つの意味がある：一つはアラビア語で0を表すこと、もう一つは作品の主要キャラクターであるシフル・フラン（Sifr Flan）を示している。