物語は、10年前に発生した「同時多発無気力症」の災害から復興した未来型新興都市「綾風市」を舞台にしている。10年ぶりに、高校生の神郷慎と弟の洵は、綾風市警察署長を務める兄の諒と再会する。 　　その頃、綾風市では様々な怪事件が発生していた。警察署長の神郷諒は、一連の怪事件の背後に潜む謎の組織を追い続けていた。ある事件に巻き込まれた神郷慎は、「ペルソナ」の能力と形態に目覚める。兄弟たちの運命の歯車が今、動き出す……。