原作は常光徹の都市伝説集『学校の怪談』に収録された短編「幽霊トイレ」。これが児童書『トイレの花子さん 学校のコワイうわさ』（1993年）として書籍化され、さらに複数の作家によって『花子さんがきた!!』の漫画版が描かれた。アニメ版の脚本もその多くを漫画版の作家が担当。テレビ番組『ポンキッキーズ』内のコーナーとして放送され、花子さんの案内で「呪いの映画館」や「約束のリングの呪い」などのエピソードが展開された。