対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、ある情報を基に、武器密売組織の拠点である謎の洋館へ突入する。探索の最中、クリスは国際指名手配犯であるグレン・アリアスと対峙するも、信じがたい光景を目の当たりにし、結果アリアスを逃してしまう。
一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員だったレベッカ・チェンバースは、現在は大学教授として、「死者が甦り、凶暴化する」という不可解な事件の調査、研究に携わっていた。
事件の調査により、「新型ウィルス」が関係していることを、 突き止めた彼女は、治療薬の開発に成功。その直後、研究所が何者かに襲撃され、レベッカは死の危険にさらされてしまう。幸いにも駆けつけたクリス達によって、九死に一生を得るのであった。
この襲撃後、クリスとレベッカは、アメリカ大統領直轄のエージェント組織「DSO」に所属しているレオン・Ｓ・ケネディのもとへ…彼は、この新型ウィルスが関わる事件を最もよく知る人物だった。
再会を果たす、クリスとレオン。
アリアスの真の目的が〝バイオテロ〟だと掴んだ二人は、レベッカと共に、その策略を阻止し人々を救う為、彼を追いニューヨークへと向かうのであった。
