パリ郊外に住む4人の少年少女は、量子コンピュータを内蔵した工場を発見する。最初に発見したジェレミーがそれを起動した際、危険なプログラム「ザナ」が目覚めてしまう。元々はフランツ・ホッパーが軍事プロジェクト「カルタゴ計画」に対抗するために作成したマルチエージェントプログラムだったザナは、自我を得て世界の支配を企んでいる。
ザナはリョコの領域内にある記憶塔を感染させ、現実世界への媒介装置として利用する。フランツ・ホッパーの娘で、リョコに存在する唯一のヒューマノイド型仮想生命体・アエリタは、ザナの敵だが、ユミ、ウルリッヒ、オッド、ジェレミーの4人の友人に助けを求めることができる。彼らは二重生活を送っている。普段は普通の中学生だが、ザナが攻撃を仕掛けてくると世界の救世主となる。彼らはこの秘密を守らなければならない。もし当局がザナの脅威を知れば、スーパーコンピュータを停止させてしまうからだ。そうなればリョコは破壊され、アエリタも永遠に消滅してしまう。
4人のヒーローはこの仮想世界への入り口を見つけた。廃工場にはスーパーコンピュータに加え、リョコへ転送するための3台のスキャナーが設置されている。ジェレミーが技術支援の指揮を執る一方、オッド、ユミ、ウルリッヒはリョコへ赴く。彼らはそこでザナの仮想モンスターと戦い、アエリタを守りながら「リョココード」を使って塔を停止させ、攻撃を食い止めるのを助ける。
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