ある日、仲良しの冬樹とケロロはガンプラを買いに外出した。しかし帰り道、誤って神秘的な小さな祠に迷い込んでしまう。古代文明の遺跡に興奮する冬樹に対し、ケロロはうっかり壺状の物体を壊してしまった。不吉な予感がよぎった二人は慌てて家に駆け戻る。ほどなくして、ケロロと冬樹の顔には「╳」の印が浮かび上がった。時が経つにつれ、周囲の人々の顔にも次々と「╳」の印が現れ始める。この印を持つ者たちは、まるで念力のように、自由自在に他人に「╳」の印を浮かび上がらせることができた。この不思議で便利な能力は人々に気に入られ、瞬く間に広まっていく。
そんな中、現れた宇宙人ミララは、「╳」の印がキルルという古代兵器であり、人間の負のエネルギーを吸収して地球を滅ぼすと告げる。しかし「╳」の印が悪い影響をもたらしていないため、冬樹やケロロ小隊は彼女の言葉を真剣に受け止めなかった。その後、キルルは巨大化を始め、「╳」の印は負のエネルギーを撒き散らし始める。人々はパニックに陥り、やがて身近な者さえ信じられなくなる。そこでケロロはこの念力を利用して、地球侵略大作戦を開始しようと考える。
人間の負のエネルギーを吸収したキルルは、次第に巨大化し、街を破壊し始める。無力感に苛まれる人々は、ただ全てが破壊されていくのを見守るしかなかった。このままでは、人類は滅んでしまうのか?
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