オカルトクラブで根拠のない怪異譚に耽る高校生・虎杖悠仁は、クラブ活動か病院に寝たきりの祖父を見舞うかの日々を送っていた。しかし、そんな平凡な日常は、彼が呪物と知らずに接触したことで一変する。超常の連鎖に巻き込まれた悠仁は、人間の悪意や負の感情から生まれた禍々しい存在・呪霊の世界に足を踏み入れることとなる。彼が飲み込んだのは、呪霊の王・両面宿儺の指だったのだ。
宿儺の力を得た悠仁は、呪霊が社会に及ぼす脅威を目の当たりにする。そして、東京都立呪術高等専門学校に導かれた彼は、もう戻ることのできない道――呪術師としての道を歩み始める。
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