遥か昔に海底から引き揚げられた古代の邪悪が甦って数年後、空条承太郎は日本の刑務所の独房で平穏に過ごしていた。罪は犯していないにもかかわらず、彼は出所を拒み、自分が周囲の人々を傷つける悪霊に憑りつかれていると信じ込んでいた。息子を心配した空条ホリィは父のジョセフ・ジョースターに、承太郎を刑務所から連れ出すよう頼む。ジョセフは孫に、その「悪霊」の正体は「スタンド」と呼ばれる、各人の戦闘精神が具現化した多様な殺人形態をとりうる能力であると説明する。ジョセフの友人ムハンマド・アヴドゥルとの熾烈な戦闘の後、承太郎は独房から連れ出され、スタンドの力を制御する方法を学び始める。
しかし、ホリィの体内にもスタンドが覚醒し、50日以内に彼女の命を蝕むことが判明すると、承太郎と祖父、そして仲間たちは、その原因である不死の吸血鬼を探し出して滅ぼさなければならなくなる。彼らは世界の半分を旅し、エジプトのカイロを目指す道中、邪魔立てする凶暴なスタンド使いたちと戦いを繰り広げる。もし承太郎たちが使命に失敗すれば、人類は暗澹たる運命をたどることになる。
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