近未来、人類は肉体から機械へと完全な身体移植が可能な段階に到達した。これにより、物理的・電脳的能力は飛躍的に向上し、両者の境界は曖昧になりつつある。しかし、犯罪者たちもまたこの技術を悪用し、新たな、時に極めて危険な犯罪を引き起こしていた。この革新的な犯罪手法に対応するため、日本政府は独立行動警察部隊、通称「公安9課」を設立した。
荒巻大輔と草薙素子に率いられた9課は、社会のあらゆる層にわたるこうした犯罪に対処し、通常は成功を収めていた。しかし、新たなA級ハッカー「笑い男」が出現すると、事態は一変する。日本に痕跡を残しながら逃げ続けるハッカーの足跡を追い、チームは危険な猫と鼠のゲームへと引きずり込まれてゆく。
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