ディオの脅威が終わってから一ヶ月後、各地の電脳世界で異常な温暖化現象が相次いで発生した。温暖化の影響で、氷に閉じ込められていたバブルマンが解凍され始める。その時、電脳世界に「彼方世界」へ通じる次元の裂け目が現れ、裂け目のそばには謎の赤ん坊が発見された。そして、彼方世界と呼ばれる異界には、大量の狂暴なウイルスが存在していた。
一方、現実世界では二体の実体化した電脳獣——「グレイガ」と「ファルザ」が出現し、互いに激しく戦いながら街の破壊を始めた。ネットナビ・熱斗、炎山、雷火はダブルソウルを使用したが、電脳獣を止めることはできなかった。最後に、二体の電脳獣はエネルギーを使い果たし、電脳世界へ戻った後も戦いを続けた。ロックマン、ブルース、サーチマンが手を焼いている中、謎の赤ん坊が突然ロックマンと融合。ロックマンの外見は獣の姿へと変貌し、圧倒的な力で二体の電脳獣を撃破した。
その後も、自らを獣裔生命体と称するナビや、獣化ウイルスが次々と現れる。不可解な事件が続発する中、彼方世界とはいったいどんな世界なのか?あの二体の電脳獣と獣裔生命体の目的は何か?謎の赤ん坊の正体は?そして、獣化ロックマンにはどんな秘密が隠されているのか?熱斗とロックマンは、渦巻く謎の中、新たな戦いに身を投じていく。
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