戦慄のミラージュポケモン

謎のポケモン科学者・Dr.ユングは、コンピュータデータを用いてカブトプスやアーマルドなどの絶滅ポケモンを復元する新たな「ミラージュシステム」を開発した。オーキド博士やサトシたちは、Dr.ユングの招待でミラージュ館を訪れ、その実演を見学する。しかし、Dr.ユングのミラージュポケモンとサトシのバトル最中、システムが暴走。突如現れたミラージュプテラがDr.ユングを攫ってしまう。そこに「ミラージュマスター」を名乗る男が現れ、このシステムを使えば“一切の弱点を持たないポケモン”を作り出せると宣言する。サトシとカスミ、オーキド博士は、狂気の計画を阻止し、命からがら脱出を図る。