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21世紀、人類は宇宙開発を始めた。しかし、宇宙生物群（通称宇宙怪獣、STMC）という恒星を媒体に繁殖する生物の襲来により、人類文明は重大な脅威にさらされる。 　　宇宙怪獣に対抗するため、ロボット兵器と宇宙戦艦の開発が続けられ、地球上のロボット訓練学校から選ばれた優秀なパイロットが操縦することになった。 　　2015年、人類史上初めて宇宙怪獣と接触した後、物語の主人公・高屋法子はロボット訓練学校に入り、人類最強の対宇宙怪獣兵器・ガンバスターを操縦する訓練を受ける。地球を守る使命を帯びた彼女の戦いが始まる。