西暦2195年、謎の兵器群「木星蜥蜴」が突如出現し、圧倒的な戦闘力で火星のコロニーと月の裏側を占拠した。地球の各地には「チューリップ」と呼ばれる母艦が降下する。一方、民間企業ネルガル重工は実験戦艦ND-001ナデシコの建造を完成させた。
木星蜥蜴の兵器に対しても、ナデシコに搭載された兵器は技術的優位性を保っており、歪曲力場(ディストーション・フィールド)バリアや重力波砲を備え、当時唯一木星蜥蜴に対抗可能な戦艦となった。乗組員の任命においては、「能力一流、性格不問」という選考方針が採られた結果、艦全体のスタッフは少々「個性的」な人々ばかりとなった。
火星生まれの主人公・天河明人は、ある偶然から幼なじみの御統ゆりかに再会する。再びゆりかに会いたい明人は彼女を追いかけ、出港準備中のナデシコに誤って乗り込んでしまう。その後、明人はナデシコの料理人として雇われるが、いくつかのアクシデントにより、艦載機動兵器エステバリスを操縦して戦うことになる……
本作は、ナデシコの乗組員たちの戦いと日常を描く。彼らは木星蜥蜴との戦闘を繰り広げる一方、地球政府の併合圧力の中でも独立を保ち、戦いを通じて次第に隠された驚くべき真実に迫っていく……
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