長年の乱獲と環境汚染、無制限な資源採掘、そして繰り返される核戦争の破壊により、地球の地表には植物も動物もなく、川や湖もなく、オゾン層もなく、砂漠だけが広がっていた。
3005年の地球。
海も淡水の流入がなくなったため高濃度の「死海」と化し、大気には砂嵐や有害ガスが充満。人類は空気隔離ドームを備えた大都市でしか生きられず、人工酸素を呼吸し、藻類や細菌類の食品を食べ、地下水を飲んでかろうじて命をつないでいた。人類の生存の道は、まさに終わりを迎えようとしていた。
地球最高連盟はこれまで何度も星間探検隊を宇宙に派遣し、人類が生存可能な惑星を見つけて星間移民計画を進めようとしたが、すべて失敗に終わっていた。
地球には古くから伝わる伝説があった。地球が物質世界を形成すると同時に、精神世界も形成され、精神世界が凝縮してできた「精神エネルギー核」は、万物の成長の源であり、すべての新たな生命に精神エネルギーを与える。精神エネルギーは生命の成長と共に育ち、生命が死ぬと精神は「精神エネルギー核」に戻り、これを繰り返すことで「精神エネルギー核」の存在が維持される。もし「精神エネルギー核」を見つけてそのエネルギーを解放できれば、地球の万物は蘇り、再び緑の息吹を取り戻せるというのだ。
地球最高連盟科学院の首席科学官である辛教授は、この伝説をずっと信じ続け、スーパーコンピューター(ゼウス)の助けを借りて、同僚と共に一連の分析と計算を行った。しかし結果は失望的なものだった。精神エネルギーは地球上の種と相互依存しており、一つの種が絶滅すると、精神エネルギー核の対応する部分も消滅する。21世紀に地球の種が大量に絶滅したことで、「精神エネルギー核」もまた消え去ってしまったのだ。
だが彼らは諦めず、密かに時空転換器の開発を開始し、一小隊を21世紀に送り込み、生命を救い、精神エネルギー核を探す計画を立てた。時空転換器の開発が行き詰まっていたちょうどその時、太陽系の端に奇妙なブラックホールが突然出現した。探査機が送り返したデータによると、このブラックホールは時空トンネルであり、トンネルの先の時間は2005年だった。
辛教授は、これは人類を新たな生へと導く目に見えぬ力の導きだと確信し、時空救出計画を実行する決意をさらに固めた。様々な反対を押し切り、雲昊、丹翎、朗噶、安地、蒙博、敖羅からなる時空救出隊は、「パイオニア」号星間巡航艦に乗り込み、21世紀へと飛び立った。
地球最高連盟の総参謀長であり、星間移民計画の責任者であるハリス将軍は、野心に満ちた職業軍人で、人類全体を支配することを夢見ていた。彼は「精神エネルギー核」をいち早く手に入れるため、密かに4人の精鋭部下――北哲寒少佐、津島美夕中尉、庫科少尉、默斯伍長――を選び、「コンカラー」号シャトルで「パイオニア」号を追跡させ、21世紀に送り込み、時空救出隊の救出活動を陰謀で妨害させた。庫科はコンピューターウイルスを使って「パイオニア」号のプログラムを改ざん――地球の大気圏に接近した時、大規模攻撃を受けたという偽の警報をシステムに発信させた。最後の瞬間、艦長の雲昊は全員に退艦を命じ、救命カプセルで「パイオニア」号から脱出させたため、隊員たちは中国上空に散り散りになって落下した。ただ一人、丹翎だけが独自の第七感によって、これが北哲寒一味の陰謀であることに気づき、救命カプセルに入
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